ضمن إطار التعاون العلمي والاعتراف المتبادل وقعت الجامعة الدولية للعلوم والنهضة مذكرة تفاهم ومنذ عام 2018 مع جامعة الخرطوم ذات الاعتراف الدولي ومع 10 جامعات سودانية اخرى تضمنت الجامعات التالية:
- جامعة السودان للعلوم والتكنولوجيا.
- جامعة الخرطوم
- جامعة الجزيرة
- جامعة السلام
- جامعة النيل الأزرق
- جامعة القرآن الكريم وعلوم الإسلام
- جامعة كسلا
- جامعة كردفان
- الجامعة المفتوحة
- جامعة زمزم
- جامعة الزعيم الأزهر
كما وقعت الجامعة الدولية للعلوم والنهضة مذكرة تفاهم مع جامعة غوراجدا الدولية المعتمدة من قبل الاتحاد الاوربي في عام 2021
تضمن في مجموعها تطوير برامج علمية وخطط درسية مشتركة يتخرج الطلاب بمجموعه بشهادة علمية موقعة ومختومة من كلا الجامعتين، اضافة الى التدريس المشترك، وتبادل الاساتذة والطلاب.